Биоразнообразие
На территории страны не осталось ни одной естественной экосистемы, в той или иной мере не испытавшей воздействия человека. Это отразилось на их состоянии: сокращении площади, изменении видового состава, изменении соотношения численности видов. Состав экосистем и их процентное соотношение отражены в таблице. (см. приложение-4). Из-за акклиматизации чуждых видов изменена ихтиофауна практически всех водоемов: 21 из 54 видов рыб завезены извне.
Степные, пустынные и полупустынные экосистемы предгорных равнин и межгорных долин, приречная древесная и кустарниковая растительность подвержены сильному пастбищному разрушению. Этот процесс усилился близ населенных пунктов при передаче скота в частное пользование. Мелкие владельцы скота перешли от отгонно-кочевого к примитивному пастушескому скотоводству.
Сильнее всего эксплуатируется пастбищная растительность, за счет которой содержится около 1 млн. голов крупного рогатого скота, 5 миллионов овец и коз, более 300 тыс. лошадей. На 7-8% территории население собирает дикорастущие ягоды (облепиха, рябина, барбарис, смородина, малина, боярышник и др.), грибы (более десятка съедобных видов), лекарственные растения (несколько десятков видов). На юге страны для части местного населения доступен сбор ореха грецкого, плодов диких яблонь, груш, абрикосов, сливы, алычи и др. Лекарственные растения заготавливаются также специальными организациями.
Небольшая часть населения занимается любительской охотой и рыболовством. В охотничьей фауне Кыргызстана насчитывается около 30 видов птиц и до 20 видов зверей (см. Приложение 6). Рыболовство в целом не играет ощутимой роли в экономике страны. Но для многих семей Иссык-Кульского бассейна, Кочкорской и Кетмен-Тюбинской долин рыбное браконьерство служит основным источника дохода. Местное население традиционно использует продукты дикой природы как сырье для строительства, производства домашней утвари, красителей и т.п. Очень неравномерно, а местами и вовсе не используются съедобные грибы. Нужно заметить, что в традиции кыргызов грибы, как и рыба, не употреблялись в пищу. На рубеже 19-20 вв. их стали использовать русские переселенцы. В настоящее время кыргызское население собирает грибы для продажи.
Резкое изменение условий местообитания и прямое изъятие растений и животных из природы, в результате хозяйственной деятельности привели к исчезновению одних видов (11) и поставили под угрозу исчезновения других: фауна крупных и средних млекопитающих - вымерло 3 вида, 15 видов находятся под угрозой; фауна птиц - 4 вида вымерло, 26 видов находятся под угрозой; лекарственные растения, а также растения, имеющие декоративное и техническое значение - исчезло 3 вида, 54 вида находятся под угрозой исчезновения. Из 4500 видов растений, 300 видов относятся к редким и находятся под угрозой исчезновения; из них 125 видов эндемики, 200 видов ценных лекарственных растений.
В Красную книгу Республики внесены 64 вида растений, 32 вида птиц, 3 вида рептилий, 1 вид рыб, 6 видов насекомых, 9 видов млекопитающих. За период с 1985 года списки для Красной книги пополнились 10 видами растений, 1 видом рыб, 11 видами птиц, 4 видами млекопитающих и 1З видами насекомых.
Для поддержания биоразнообразия существует сеть особо охраняемых территорий, общей площадью 672.9 тыс. га (см. Приложение 5). На территории Кыргызской Республики в важных экосистемах имеются "горячие очаги", включающие уникальных представителей флоры и фауны, которые находятся под угрозой уничтожения в результате чрезмерного антропогенного воздействия (см. Приложения 9, 10).

Международные воды.
Гидрология Кыргызстана представляет собой сложную систему рек, озер, ледников, сезонного снежного покрова, заболоченных территорий. 76,5% территории страны принадлежит площадям питающих бассейн Аральского моря, 10,8% бассейн озера Иссык-Куль, 12,4% - бассейн Тарима и 0,3% бассейн озера Балхаш. Все реки Кыргызстана формируются только на его территории и не являются ни международными водными объектами, ни трансграничными, если использовать термины международного права и иметь ввиду, что ни одна из рек, берущая начало в Кыргызстане Мирового океана не достигает. Кыргызстан осторожно использует термин "международные воды" и "трансграничные воды", поскольку считает водные ресурсы своим национальным достоянием. С точки зрения определений, содержащихся в руководствах ГЭФ, наоборот, почти все реки Кыргызстана, можно отнести к международным водам, поскольку водосборные бассейны расположены на территории нескольких стран. В настоящее время из 47,2 км3 водных ресурсов по существующему вододелению Кыргызстану остается только 11,8 км3; 3 км3 идет на пополнение Иссык-Куля, а 32.2 км3 поступает на территории соседних государств.
С целью регулирования стока трансграничных рек Чу, Талас, Нарын, Ак-Буура, Карадарья и в интересах ирригации соседних республик на территории Кыргызстана в советское время построены более 10 крупных водохранилищ. Из-за сложного экономического положения в республике, недостаточного финансирования для содержания указанных объектов, нарастает угроза возникновения экологических происшествий и кактастроф в результате подтопления и засоления, заиления и эвтрофикации водохранилищ, а также возможного разрушения плотин.
Процессы эвтрофикации приводят к гибели и нарушению жизнедеятельности представителей очень важных групп: водорослей, рыб. Практически исчезли водно-болотные комплексы в Чуйской долине. Деградировали экосистемы нижнего течения рек из-за сильного загрязнения. Во многих случаях они исчезли физически из-за полного забора воды на орошение.
Ухудшение качества трансграничных водных ресурсов усугубляется наличием хвостохранилищ и отвалов горнодобывающих предприятий, где утилизированы радиоактивные вещества, соли тяжелых металлов, циансодержащие вещества. (см. приложение-16 "Карта расположения хвостохранилищ")
Не имеют необходимых систем сбора, хранения, обработки и утилизации стоков большинство предприятий животноводства. Имеющиеся на них природоохранные сооружения пришли в негодность, устарели, находятся в запущенном состоянии, требуют капитального ремонта и реконструкции. Не обезвреженные навозосодержащие стоки и отходы животноводства стали в последнее время одним из наиболее опасных источников загрязнения водных экосистем.
Орошаемое земледелие является крупнейшей водопотребляющей отраслью страны, расходуя в среднем около 90% суммарного внутреннего водопотребления. Действующие оросительные системы обеспечивают подачу воды на 1 млн.га орошаемых земель. Ежегодное применение минеральных удобрений, гербицидов, пестицидов, дефолиантов и зооветеринарных препаратов сократилось, по сравнению с 1990г., более чем в 10 раз. Несмотря на это, неорганизованные сбросы сельскохозяйственных объектов, сбросные воды с полей остаются главными источниками загрязнения водных объектов.
Более половины малых городов и районных центров республики, в том числе и находящихся в трансграничных бассейнах не имеют централизованных канализационных систем и очистных сооружений.
На территории Кыргызстана находится более чем 3000 озер (с площадью более чем 0,2 га). В основном озера расположены в бассейнах тектонического, сейсмического, термокарстового или ледникового происхождения, на высотах между 3000 и 4000 м. над уровнем моря. Самые большие Иссык-Куль, Чатыр-Куль, Сонкель. Иссык-Куль считается вторым в мире по величине высокогорным озером после озера Титикака в северной Америке.
Бывший Советский Союз (1971) присоединился Конвенции по охране водно-болотных угодий, имеющих международное значение (Ramsar Convention). Водно-болотные угодья озера Иссык-Куль, главным образом в качестве местообитания водоплавающих птиц получили статус Рамсаровской точки. К сожалению, Кыргызстан не оформил все юридические процедуры для подтверждения своего участия в Рамсарской Конвенции после распада Советского Союза.
Заболоченные территории встречаются в аллювиальных долинах многих кыргызских рек и высокогорных плато (сырты, ландшафт которых очень похож на арктическую тундру). Общая площадь долинных заболоченных территорий в республике составляет около 0,5% земельной площади.

Смягчение изменения климата
Для Центральной Азии в целом можно с уверенностью говорить о потеплении. Потепление сопровождается ростом интенсивности испарения, что в свою очередь создаёт угрозу распада оледенения, изменения высотных поясов произрастания определенных видов сельскохозяйственных растений. Устойчивый процесс сокращения оледенения, интенсивность которого возрастает, обуславливает и изменение водности поверхностного стока. По прогнозам, площади оледенения в республике к 2025 году сократятся в среднем на 30-40 %, что приведет к уменьшению водности на 25-35 %. Снижение загрязнения атмосферы (через повышение чистоты снежного покрова, а следовательно, и повышение альбедо) является одним из методов сохранения оледенения. С точки зрения мероприятий по смягчению климатических изменений на местном микро- и мезо- уровне, изменения в сельском хозяйстве (соотношение между водными поверхностями и сушей, новые методы орошения, новый растительный и древесный покров с соответствующей испаряемостью) представляются более эффективными чем борьба с загрязнением воздуха или использование возобновляемых источников энергии. В любом случае, это заключение не используется в дальнейшем ни в рабочем плане, ни в приоритетах проектов, поскольку отсутствуют обоснованные и ясные связи таких мероприятий с глобальными экологическими выгодами.
Основными источниками загрязнения атмосферного воздуха являются предприятия энергетики, стройматериалов, коммунального хозяйства, горнодобывающей и перерабатывающей отраслей, частный сектор, а также автотранспорт, среди них наибольший удельный вес приходится на долю твердых веществ (сажа, зола, пыль), выбросы которых составляют 44,0-45,6% соответственно, выбросы сернистого ангидрида составляют 26,5-28,2%, а оксида углерода 12,1 - и, 9% всех учитываемых веществ. Среди специфических веществ основное место в 1999 году занимают углеводороды, пыль цементного производства.
Переход от командно-административной к рыночной экономике привел к быстрому росту транспортных выбросов, особенно автомобильных. Согласно Национальному экологическому отчету (1998-1999), в настоящее время около 87% всех атмосферных выбросов составляют автомобильные выбросы. Количество автомобилей в Кыргызстане увеличилось - в настоящее время насчитывается около 300000- 200000 легковых автомобилей, автобусов и грузовых автомашин. Городской транспорт, хотя и не такой многочисленный по сравнению с другими азиатскими городами, по всей вероятности, является основной причиной загрязнения городского воздуха, вследствие использования низкокачественного этилированного бензина и старых автомобилей. Подсчитано, что автомобильный транспорт Кыргызстана ежегодно выбрасывает около 198000 тонн вредных веществ в атмосферу, включая угарный газ, окись азота, углеводород, твердые частицы и свинец. Кыргызский государственный план действий по гигиене окружающей среды (1999) указывает, что угарный газ составляет три четверти этих выбросов. Автотранспортные выбросы оказывают наиболее сильное влияние на здоровье человека в городах расположенных в замкнутых долинах окруженных горами. Бишкек, столица Кыргызстана, расположенный в Чуйской долине может быть примером того, что уровень загрязнения повышен из-за расположения самого города.
В значительной степени воздушный бассейн республики загрязняется предприятиями энергетической отрасли. Анализ причин такого состояния дел выявляет здесь следующие тенденции. Главное из них - отсутствие в Кыргызстане собственных запасов чистого топлива -природного газа, что вынуждает предприятия энергетики, частный сектор вернуться к использованию твердого топлива местного происхождения, имеющего относительно низкую калорийность и высокую зольность. Если учесть низкую эффективность очистки выбросов в атмосферу в крупных ТЭЦ (улавливаются в основном твердые выбросы с помощью различного рода фильтров), и отсутствие очистки выбросов в котельных, то вклад энергетической отрасли в загрязнение атмосферного воздуха с каждым годом будет возрастать.
Причины высокой загрязненности атмосферного воздуха в городах республики кроются и в том, что энергетика республики буквально "зациклена" на традиционных источниках энергии и не использует колоссальных ресурсов так называемых нетрадиционных источников энергии (солнечные лучи, ветер, геотермальные воды, биомассу и др.). В настоящее время их доля в энергобалансе республики составляет всего лишь 0,15%! Слабо используются и экологически более чистые средства передвижения - электровозы, троллейбусы, велосипед.

Деградация земель
Равнинные и низкогорные пустыни и полупустыни занимают около 15% территории Кыргызстана. Нивальные и субнивальные пояса вместе с почти с безжизненными скалами, осыпями, щебнистыми горными пустынями занимают около 35% территории и составляют лессовые, каменистые, галофильные и холодные высокогорные (сырты) пустыни и полупустыни.
Основными признаками опустынивания земель в Кыргызстане являются снижение продуктивности пахотных земель, пастбищ и лесистых участков. Оно вызвано неустойчивыми видами человеческой деятельности, такими как чрезмерная эксплуатация земель, чрезмерный выпас животных, обезлесение и неадекватные методы орошения. В результате антропогенной деятельности человека более 90% площади сельскохозяйственных угодий республики попадает под категорию, которая может быть определена как склонная к опустыниванию.
В чрезвычайно угрожаемом положении находятся все лесные экосистемы. В их продолжается выпас скота, вырубка деревьев. Общая площадь Гослесфонда Кыргызской Республики составляет 2,86 млн. га.(см. приложение-14 "Карта лесов") За последние 70 лет Кыргызстан потерял 50% площади лесов. Еловые леса: площадь сократилась по сравнению с 1930 г. в три раза. Ведет к негативному влиянию на состояние фауны, к росту склоновых эрозий, снижению водорегенирирующей роли. Орехоплодовые леса: площадь сократилась более чем в два раза, продолжается заготовка древесины, капа, плодов, выпас скота. Возникла реальная угроза уникальному генофонду реликтовых плодовых форм, трате почвозащитной и водорегенирирующей роли, естественному возобновлению лесов. Арчовые леса: за 50 лет исчезло 36% лесов, площадь редин увеличилась на 31%, прогрессирующее опустынивание горных склонов. В районе распространения лесов на Алайском и Туркестанском хребтах участились сели, лавины, оползни, снизился русловой сток и усилились паводки. Темпы лесовосстановления отстают от темпов обезлесивания. Основные причины уничтожения лесов: использование древесины для производства строительных материалов и мебели; использование древесины в качестве топлива; выпас сельскохозяйственных животных.
На территории Кыргызстана распространены 3 типа эрозии (водная, пастбищная, ветровая), 4 подтипа водной (ирригационная, плоскостная, смешанная и овражная) и 2 подтипа ветровой (пыльные бури и местные ветры) эрозии с подразделением каждых на виды. По данным земельного кадастра Кыргызстана, около 500 тыс. гектаров сельскохозяйственных угодий подвержены водной и ветровой эрозии. Только 300 тыс. гектаров орошаемых земель в Кыргызстане имеют уклоны менее 0,01 и, следовательно, мало подвержены ирригационной эрозии. Таким образом, площадь потенциально эрозионных земель в целом по Республике составляет около 85%.Основные меры должны быть направлены против ирригационной эрозии на уклонах от 0,01 до 0,05, где за один полив с 1 га смывается от 2 до 10 тонн плодородного слоя почвы.
Перевыпас. Общая площадь естественных пастбищ Кыргызстана составляет 8,9 млн. га. (см. приложение-15 "Карта землепользования"). Площадь присельных пастбищ в настоящее время составляет более 2 млн. 136 тыс. га. По сведениям сельчан и специалистов, эти пастбища находится в очень плачевном состоянии, выбиты, сильно деградированы и опустыненны из-за перехода от отгонно-кочевого к примитивному пастушескому скотоводству.
Площади засоленных и солонцеватых почв (данные главным образом до 1985 г.) на всей территории Кыргызстана составляют 3,8 млн. га, в том числе в зоне земледелия -774 тыс.га, в зоне пастбищ - 3 млн. га. По неполным данным в равнинной зоне республики 0,2 млн. га земель сейчас засолено, 0,03 млн. га пере увлажнено. В Республике из 1059943 га орошаемых земель находится: в хорошем состоянии - 900213,0 га; в удовлетворительном состоянии - 70144,0 га; в неудовлетворительном состоянии - 89556,0 га.
Ирригация и подтопление. В Республике имеется 632 оросительные системы, которые обеспечивают подачу воды на 1066 тыс.га орошаемых земель.Общая протяженность всех постоянных каналов составляет 25,3 тыс. км, из них 6,2 тыс.км наиболее крупные межхозяйственные (государственные) и 19,1 тыс.км внутрихозяйственные (ранее находившихся на балансе бывших колхозов, совхозов и других хозяйствующих субъектов). Действует 34 водохранилища ирригационного назначения и около 400 бассейнов суточного и декадного регулирования общим объемом около 2млрд.м3. На орошаемых землях производится около 90% продукции полеводства. Близкое залегание уровня грунтовых вод (до 2 м) на орошаемых землях составляет 89628 га. В республике 133 населенных пункта подтоплены.
В настоящее время на территории республики в 130 хвостохранилищах и шламонакопителях. (см. приложение-16 "Карта месторасположения хвостохранилищ") Общее количество отходов составляет 620 млн. м3., которые содержат радионуклиды, вредные для здоровья соли тяжелых металлов (кадмий, свинец, цинк, хром, и др.), а также другие токсичные вещества. Большинство хвостохранилищ не имеют современных защитных сооружений и внутренней изоляции против просачивания вредных веществ в почву, воздух. Самое опасное что люди и домашний скот потребляют растительность растущую на этих территориях. Сегодня в Кыргызстане действует 412 геологоразведочных и горнодобывающих предприятий. Многие работы в горной местности сопровождаются взрывными работами, что негативно сказывается на экологии гор.